Pulau Merah merupakan sea-stacks yang terdapat sekitar 200 m dari pinggir pantai yang berpasir putih. Ketika laut surut, paparan berbatu dan berpasir yang ditutupi oleh rumput laut berwarna hijau menghubungkan pulau ini dengan daratan utama. Pulau Merah menyingkapkan batuan beku jenis diorit atau granodiorit yang mengalami ubahan (alterasi) dan terkekarkan kuat. Sebagai tubuh terobosan, batuan dipotong oleh urat-urat kuarsa yang mengandung mineral bijih khususnya pirit. Mineral sulfida bijih ini juga tersebar di dalam batuan induk dalam bentuk butiran berukuran halus. Daerah ini masih satu jalur magmatic selatan, namun fitur yang dijumpai disini merupakan masa depan ijen beberapa juta tahun lagi dimana proses mineralisasi gunung ijen  terus terjadi. Apabila dikaithubungkan pulau merah merupakan fossil dari gunung ijen.